《規劃》提出，“十三五”深圳以改善環境質量為核心，全力打好大氣、水、土壤三大污染防治攻堅戰。其中在水環境質量方面，重點推進河流綜合整治，到2017年，基本消除建成區黑臭水體；到2020年，全部消除建成區黑臭水體。
《規劃》提出八項舉措改善水環境質量：一是保障飲用水水源安全。二是推進河流綜合整治。堅持“水系入手、截污為先、方式多樣、綜合治理”的系統治污思路，兼顧防洪達標、水污染治理和生態景觀建設等多方面的要求，對水環境實施分流域、分區域、分階段科學治理，全面推進精準治污。到2020年，全市整治河流144條，整治長度552公里。加強跨界河流污染防治，加快黑臭水體治理。到2017年，基本消除建成區黑臭水體；到2020年，全部消除建成區黑臭水體。三是推進灣區水環境改善，到2020年，入海（灣）河流基本消除劣Ⅴ類水體。四是開展地下水污染防治，確保全市地下水環境質量保持穩定。五是加快污水管網建設，到2017年，建成區污水基本實現全收集、全處理；到2020年，新建污水管網4260公里以上，基本建成路徑完整、接駁順暢、運轉高效的污水收集系統。六是完善污水處理設施，探索集約節約用地模式，高標準規劃建設環境友好型污水處理廠，續建福田污水處理廠，新建沙湖、東沖、壩光污水處理廠和洪湖、寶龍水質凈化廠、樟杭徑污水生態處理工程，擴建南山、沙井、坂雪崗等12座污水處理設施。到 2020年全市污水處理能力達到683萬噸/日，城市污水集中處理率達到98%以上。七是加強城市面源污染治理，清理地表水體流域內非法養殖和非法農家樂。加強垃圾、糞渣等城市面源污染物收集、運輸、處理處置全流程整治，大幅度削減入河入灣面源污染。全面清理飲用水源保護區內的違法種植養殖、違法搭建、地下作坊、暴露垃圾等，最大程度削減入庫污染負荷。關閉或搬遷禁養區內的畜禽養殖場，加快推進規模化畜禽養殖場標準化改造和處理設施提標。嚴格控制農業用水總量，實施化肥、農藥零增長行動。八是完善水環境質量管理機制，全面開展全市及各重點流域水污染源調查，編制實施深圳河等跨界河流流域達標方案，定期或不定期對水環境目標落實情況及治污效果進行評估，全面推行排污許可證制度，研究創新污水付費模式，將黑臭水體治理、污水管網建設、污水處理廠提標改造、跨界河流達標等納入生態文明建設考核重要內容。
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