從國務院2003年批復《青海三江源自然保護區生態保護和建設總體規劃》，到2008年出臺《關于支持青海等省藏區經濟社會發展的若干意見》，再到去年出臺的《青海三江源國家生態保護綜合試驗區總體方案》，可以說，三江源生態補償是法律制度保障最完備的一個補償，也因此，補償政策正在不斷落實。從執行情況看，先行先試的路子基本走通了。
雖然在政策思路上有突破，但是實際操作中，三江源的生態補償還存在一些不足，需要更完善和細化。比如財政部2008年的轉移支付方案主要是通過提高部分縣區補助系數等方式，來完成三江源等地區的轉移支付。實際財政收支情況并不能代表其實際的增收減支需求。為此，需要根據一般性轉移支付和生態補償相結合的思路，對三江源的財政轉移支付進行重新測算。
首先，應盡快對《保護區規劃》的實施進行全面評估，及時調整修編規劃，完善其生態補償機制。其次，通過對三江源地區生態補償政策機制的創新和完善，增加中央財政對三江源地區的財政轉移支付，設立國家三江源生態補償公益基金。再次，培育生態產業，扶持發展生態經濟，加大扶貧開發力度。
三江源在采用政府主導型的生態補償機制時，依然可以采用鼓勵社會參與甚至是市場主導型的其他生態補償方式。一些“造血”型的、非資金型的生態補償方式應該得到鼓勵。
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